故事讲述少年小华立志成为世界第一的神奇宝贝协调训练家，在各地旅行，收复神奇宝贝，参加华丽大赛，有时还被迫参加的道馆赛。同小智、小霞、小刚小遥等的竞争，成长。
    小华的父母是一对有名的商业夫妻，全国各地区都有他们的分公司。而小华，小智的表弟，从小体弱多病，为了治好病，十岁后完成自己的梦想，成为世界第一的神奇宝贝协调训练家，他强烈要求父母让他去七海地区治病。
    小华离开真心镇，在七海地区度过两年的治病时间，在那段时间里，他认识传说中的天才女博士——凝香博士，小华跟着凝香博士学习，掌握了一般人所不知的知识。
    今天，他回来了。带着他初愈的身体回到真心镇，并从研究界的权威——大木博士手中得到初始神奇宝贝——妙娃种子。同小智、小刚、小霞展开了一段奇妙的旅行，未完成他的梦想而不断的努力。